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消化内鏡診療中心為我集團重點發展學科，中心包括消化内科與腔鏡内鏡中心，技術力量雄厚，設備先進。現有總院消化内鏡診療中心，以及鳳凰醫院、腫瘤醫院、廣濟醫院三個分中心。其中總院消化内鏡診療中心現有床位48張，醫生16名，其中副主任醫師3名，主治醫師6名，住院醫師7名，其中碩士研究生4名。科室環境安靜、整潔、舒适，管理規範。内鏡功能區建築面積1800m2，，設置先進，設候診大廳、談話間、診療區、洗消區、複蘇區、ERCP室、複合手術室。總院消化内鏡診療中心年出院患者1500例，年内鏡診療3000餘例。為淮南市内鏡質控中心主任單位。負責本地區内鏡質控工作。

鳳凰醫院分中心設置床位30張，醫師7人，其中副主任醫師2人，住院醫師5人。腫瘤醫院分中心消化内鏡分中心床位21張，醫師6人，主治醫師2人，住院醫師4人；廣濟醫院分中心床位31張；醫師6人，主治醫師3人，住院醫師3人。分中心内鏡功能區均按照總院内鏡功能區設定，與總院内鏡中心同質開展業務。

消化内鏡診療中心學術氛圍濃厚，在北大核心、統計源核心及國家級刊物上發病論文數十篇。以臨床診療為基礎，以開展多種内窺鏡下微創治療為特色。常規開展無痛胃腸鏡、膠囊内鏡、幽門螺杆菌檢測、内鏡下黏膜切除術/剝離術（EMR/ESD）、食管胃底靜脈曲張治療（EVL、EIS、ESVD）、内鏡下息肉切除術，食管胃異物取出術、食管支架置入術、消化道狹窄内鏡下擴張術等。對消化系統急危重症（如消化道大出血、急性重症胰腺炎、肝硬化、肝性腦病等）救治為市内領先水平。